La cátedra tiene como objetivo ofrecer formación profesional para autoridades, técnicos y agencias involucradas en la gestión del agua, así como proporcionar formación comunitaria para la recolección y análisis de datos de monitoreo de ecosistemas acuáticos y la calidad del agua. A través de estas acciones, la cátedra busca promover una gestión más efectiva y sostenible de los recursos hídricos y acuáticos, abordando así los desafíos clave que enfrentan los ecosistemas acuáticos en la región amazónica y en todo Ecuador.